La Diputación Foral de Gipuzkoa ya planteó en 2004 la protección de la plataforma costera del entorno de Pasaia que se ve amenazado por la construcción del puerto exterior

Euskadi con 253 kilómetros de costa, tiene protegido sólo un 14,2% de su litoral, el porcentaje más bajo de costa protegida de todo el Estado. Aunque la Unión Europea recoge la necesidad de que los Estados miembros creen antes de 2012 una red de áreas marinas protegidas, el País Vasco no ha reconocido aún el valor ambiental de sus aguas. Uno de los escasos espacios protegidos de la costa, el monte Jaizkibel, es también de los espacios naturales más amenazados. En sus acantilados se ha proyectado el innecesario puerto exterior de Pasaia.

Las organizaciones Greenpeace y Jaizkibel Bizirik han tenido acceso a un informe de 2004 elaborado por la Diputación Foral de Gipuzkoa en el que se propone como medida de gestión con “prioridad alta” para el mantenimiento de la Red Natura 2000 europea la extensión del espacio protegido a sus fondos marinos adyacentes. Aunque en el II Programa Marco Ambiental del País Vasco, que finaliza en 2010, se reconoce un compromiso ambiental de protección de la biodiversidad, de momento el único compromiso adquirido por el Gobierno Vasco es la construcción de un brazo exterior del actual puerto de Pasaia que dinamita todos los compromisos públicos del Gobierno.

En el medio marino de Jaizkibel hay presencia de uno de los hábitats prioritarios por su valía ambiental en Europa, conocidos como praderas de algas rojas Gelidium que disponen el hábitat necesario como criadero de especies pesqueras de interés comercial y para el campeo de cetáceos y aves marinas protegidas nacional e internacionalmente. Sin embargo, la propuesta de protección del medio marino que supondría la continuidad a modo de corredor ecológico de los valores terrestres de Jaizkibel quedó olvidada en algún despacho oficial tras la presentación del proyecto de superpuerto exterior de Pasaia, promovido por la Autoridad Portuaria con el apoyo institucional del Gobierno Vasco y del Partido Nacionalista Vasco. Se pretende desarrollar un plan urbanístico en la bahía de Pasaia, que en lugar de la regeneración favorezca la especulación obteniendo 600 millones de euros para financiar el puerto exterior, y sin contar con los habitantes con la opinión de los habitantes de su entorno.

Por tanto, Greenpeace y Jaizkibel Bizirik, reclaman que este valioso espacio marino de Jaizkibel sea englobado inmediatamente dentro de la propuesta vasca de la Red Natura 2000 por sus valores ambientales en concordancia con la Estrategia Ambiental Vasca de Desarrollo Sostenible y su Programa Marco Ambiental y que abandone el incongruente e inviable proyecto de puerto exterior.